L'action se déroule en 2039, soit environ quatre ans après les événements de Metro Exodus (2035). Après un quart de siècle de guerre souterraine, les survivants du métro de Moscou ont finalement été réunis sous la bannière d'un seul chef : un Spartiate fanatique connu sous le nom de Hunter. Cette unité forcée a cependant un coût dévastateur, et une nouvelle faction antagoniste appelée la Novoreich.