Digimon Story : Time Stranger est un JRPG en tour par tour dans l'univers de Digimon. Les joueurs incarnent un agent d'une organisation secrète, et se retrouvent au millieu d'une grande bataille entre monstres à Tokyo, avant de se réveiller 8 ans dans le passé. L'aventure se déroule entre le monde des Humains et le Digimonde, voyageant à travers le temps et les mondes parallèles. Un grand nombre de Digimon sont présents, à rencontrer, obtenir, faire évoluer. L'objectif est de dévoiler le mystère derrière le chaos qui menace de détruire le monde, et il y a de nombreux combats sur le chemin.